Sancho III. teilte sein Reich 1035 unter seinen drei Söhnen in Aragon, Kastilien und Navarra auf. Während die beiden Nachbarkönigreiche stetig wuchsen, wurde Navarra immer kleiner, bis es gerade mal das Gebiet der heutigen Region Navarra in Spanien und das Department Pyréneés-Atlantiques in Frankreich umfaßte. 1229 begann mit Thibaut I. die Annäherung Navarras an Frankreich. Im 15. Jahrhundert sah es dann so aus, als könnte Navarra an Spanien fallen. Eleanor I. von Navarra war eine Stiefschwester von Ferdinand II. von Aragon. Er heiratete in zweiter Ehe ihre Enkelin Germaine de Foix, der einzige gemeinsame Sohn starb jedoch bei der Geburt 1509. Dafür holte Ferdinand II. sich 1511 die Erlaubnis des Papstes zum Überfall auf das kleine Nachbarreich. Am 21. Juli rückten spanische Truppen in Navarra ein und eroberten den Teil, der südlich der Pyrenäen lag.
Als Henri II. 1512 König von Navarra wurde, hatte er durch Ferdinand II. nicht nur einen Großteil seines Königreichs, sondern auch die Hauptstadt Pamplona verloren. Der Sitz des navarresischen Königs musste daher nach Pau verlegt werden. 1527 heiratete Henri II. Marguerite d’Angoulême, die Schwester des französischen Königs François I.. Marguerite war eine sehr lebenslustige, hochgebildete Frau, die auch aktiv in die Politik eingriff. Sie machte den Hof in Navarra zu einem kulturellen und wissenschaftlichen Zentrum Europas. Dort beherbergte sie unter anderem Calvin und Melanchthon, blieb allerdings Katholikin. Marguerite hatte auch literarische Ambitionen. Ihr bekanntestes Werk ist das vom Decamerone beeinflusste Heptameron.
Jeanne, die Tochter von Henri II. und Marguerite heiratete 1548 Antoine de Bourbon, den ersten Prinzen von Geblüt. Ihr Sohn Henri de Navarre wurde 1572 König von Navarra und 1594 König von Frankreich, womit er beide Reiche vereinigte.
